税金計算書の発行は不可能です。航空運賃の場合、付加価値税法上、領収書で代わりになる為です。
税法上、国内線の場合、供給を受ける者が自己事業者の場合、税金計算書の交付要請をしても税金計算書を交付できないようになっています。（事業者が供給を受ける場合、事業者を最終消費者と考える）
旅客運送の場合、大部分が事業者でない消費者に用役を提供するため、関連付加価値書を控除できるように規定をしていません。
または、クレジットカード売上伝票であれば確認に伴う付加価値税仕入税額控除も税金計算書の交付義務がある場合にのみ可能です。
航空運賃に含まれている付加価値税は控除を受けることができません。
参考としてJINAIRは同付加価値税を国家に納付しなければなりません。
一方、法人の場合、航空機の航行役務を提供された場合には支出証拠書類受け取り特例の規定により法定支出証拠書類（請求書、クレジットカード売上伝票、手形）の交付を受けなくても支出証拠書類受け取りに起因する加算税は適用されません。
関連条文：付加価値税法32条、同法施行令法第79条の2第①項5号及び③項ほか